Critique d’art pour plusieurs revues, historien de l’art, conseiller scientifique auprès de la Présidence des musées d’Orsay et de l’Orangerie, il a créé la collection ABCdaires (Flammarion) afin de faciliter l’approche de l’art par un large public.

Stéphane Guégan est également l’auteur de plusieurs ouvrages sur la peinture et la littérature :

Manet, inventeur du moderne (2011), Les arts sous l’occupation (2012), Les fleurs du mal illustrées par Matisse (2016), ABCdaires de Caillebotte (1994), Poussin (1994), Courbet (1996), Monet (1999), Derain en 15 questions (2017), Delacroix, peindre contre l’oubli (2018), Baudelaire, l’art contre l’ennui (2021), Caillebotte peintre des extrêmes (2022). Pour ce dernier titre, il a reçu le prix de de l’Académie française en juin 2022.

Stéphane Guégan a été commissaire de nombreuses expositions : Chassériau (2002), Delacroix (2003), Ingres (2006), Manet (2011 et 2013). Il tient un blog  très fourni : Stéphane Guégan – Moderne (video.blog)